Mit der Eröffnung der Lindenburg wurde das Röntgeninstitut der Akademie für praktische Medizin vom Bürgerhospital in das erste Obergeschoss des Operationshauses auf der Lindenburg verlegt, da der alte Standort der ständig expandierenden Einrichtung nicht mehr gewachsen war.
Sie war damit jedoch nur eine von insgesamt sechs städtischen Röntgeneinrichtungen, von denen sich drei in Abteilungen der Lindenburg befanden: neben der Chirurgischen Klinik verfügte die Innere Klinik über eine im Badehaus aufgestellte Anlage. In die Tuberkuloseabteilung wurde eine Apparatur aus dem Augustahospital transferiert. 1911 waren allein im Operationshaus der Lindenburg drei Apparate in Betrieb. Dies zeigt, wie schnell sich die Anwendung der Strahlen insbesondere als Diagnoseverfahren etabliert hatte.
Schon wenige Wochen nachdem Ende 1895 Wilhelm Conrad Röntgen seine Entdeckung der X-Strahlen publiziert hatte, war sie in aller Munde. In Köln hatte es Oberlehrer Dr. Carl Hilberg übernommen, das Phänomen am 3. Februar 1896 in der Aula des Gymnasiums Kreuzgasse der interessierten Öffentlichkeit zu erläutern. Sehr schnell fand das Verfahren allerorts Anwendung für medizinische Zwecke. Als der Chirurgische Oberarzt des städtischen Kölner Bürgerhospitals Bernhard Bardenheuer noch im Oktober desselben Jahres den Antrag „zur Anschaffung Eines Apparates zum Photographieren nach Röntgen und zur Errichtung einer Röntgenanlage“ stellte, waren Röntgenanlagen bereits in Serienproduktion gegangen.Die Einführung der Röntgenstrahlen bedeutete eine Revolution in der medizinischen Diagnostik. Hoch populär und in ihrem diagnostischen Nutzen jedem Laien unmittelbar evident, gehörte die Röntgenuntersuchung zu den Verfahren, die von den Patienten sogleich nachgefragt wurden. Die Darstellung von Fremdkörpern, Steinbildungen und Knochenfrakturen war von Anfang an möglich. Für die Stellungskontrolle der Bruchenden musste nicht einmal mehr der Gipsverband entfernt werden. So stand die Anwendung in der Chirurgie am Anfang. Hohlorgane konnten zwar bereits seit 1904 mit Hilfe von Kontrastmitteln abgebildet werden, lange Belichtungszeiten beeinträchtigten jedoch zunächst noch die Qualität solcher „Internistischen Röntgenphotographien“.
Bereits 1906 begann in Köln auch die therapeutische Röntgenologie. Leiter der städtischen „Röntgen-Apparatur“ war seit 1903 Oberstabsarzt Rudolf Graessner (1867-1927), der das Verfahren auch als Dozent an der 1904 eingerichteten Akademie für praktische Medizin lehrte. Ihm unterstanden alle städtischen Röntgeneinrichtungen, obgleich diese sich dezentral an den verschiedenen städtischen Krankenhausstandorten und dort in den einzelnen Abteilungen befanden. 1928 wurde an der Kölner Universität der erste planmäßige Lehrstuhl für „ Röntgenologie und medizinische Strahlenheilkunde“ im Deutschen Reich geschaffen und mit Rudolf Grashey (1876-1950) besetzt. Das 1919 an der Hamburger Universität geschaffene Ordinariat für Röntgenwissenschaften war an die Person Ernst Albers-Schönberg gebunden.
„Bei der Auswahl der Apparate ist Wert darauf gelegt, dass die neuesten Forschungen auf dem Gebiete der Röntgentechnik berücksichtigt werden, vor allem auch, dass sowohl Aerzte als auch Schwestern bei den Arbeiten gegen Bestrahlen ihres eigenen Körpers geschützt sind“, betont Stadtbaumeister Johannes Kleefisch in seiner Beschreibung des neuen Röntgen-Instituts. Auch in Köln hatten die Strahlen in den Anfangsjahren durch die ungeschützte Exposition ihre Opfer gefordert. Die Augustinerin Sr. Blandine Ridder, eine der ersten Röntgenschwestern in Köln, starb 1916 mit 45 Jahren am Strahlenkrebs.
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