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Schon in den 1890er Jahren wurde unter den ärztlichen Mitarbeitern des städtischen Kölner Bürgerhospitals eigens ein „pathologischer Assistenzarzt“ ausgewiesen. Ebenso verfügte dieses Haus über einen Sezierraum, wie er seit der Mitte des 19. Jahrhunderts in zunehmender Häufigkeit in großen Krankenhäusern zu finden war. Die Obduktion gehörte noch viel selbstverständlicher als heute zum ärztlichen Tätigkeitsfeld.

Mit der Durchsetzung des zellularpathologischen Modells gewann seit der Mitte des 19. Jahrhunderts jedoch die Histologie zunehmend an Bedeutung. Zusammen mit anderen Verfahren differenzierte und präzisierte sich damit die Diagnostik am lebenden Menschen.

Mit der Einrichtung der Akademie für praktische Medizin in Köln 1904 wurde ein Institut für pathologische Anatomie geschaffen, dessen Leitung mit einer ordentlichen Professur an der Akademie für praktische Medizin verbunden war. Die Pathologie etablierte sich als ein gegenüber den anderen klinischen Disziplinen eigenständiges diagnostischen Service-Fach sowohl im Unterricht als auch in der Krankenhauspraxis.

Das Kölner Institut, das in der Folgezeit sukzessive die Sektionen für alle Kölner Krankenhäuser aber auch für die niedergelassenen Ärzte übernahm, war zunächst im Augustahospital untergebracht, erhielt jedoch in der großen Krankenhausanlage auf der Lindenburg 1908 ein eigenes Gebäude. Den Erfordernissen der Lehre war durch Räumlichkeiten zur Anfertigung und Aufbewahrung von Präparaten Rechnung getragen. Bleichterrassen für die Fertigung von Mazerationspräparaten waren vorhanden.

Die Prosektur im Erdgeschoss verfügte über einen großen Sezierraum mit vier Tischen und einen kleinen mit einem Tisch. Tageslicht fiel über große Fenster und bis zur Decke reichende Oberlichter von Norden her ein. Ein elektrisch betriebener Leichenaufzug stellte die Verbindung zum Leichenkeller her. Über ein unterirdisches Gangsystem für den Leichentransport war das Pathologische Institut mit allen Klinikgebäuden verbunden.

Seit 1924 gehörte zum Pathologischen Institut eine topographisch-anatomische Abteilung, deren Leiter zunächst den anatomischen Unterricht an der Medizinischen Fakultät übernahm, als der vorklinische Studiengang eingerichtet wurde. 1925 wurde dann ein eigenes Ordinariat für Anatomie geschaffen und mit Otto Veit besetzt.
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